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北京将把地坛医院的核酸检测范围扩大到1070张病床
羊城晚报驻京记者王莉
目前，北京尚在医学观察的密切接触者仍然增长较快，流行病学调查仍面临较大挑战。
北京疾控中心副主任庞星火在昨天召开的北京市第126场新型冠状病毒肺炎疫情防控工作新闻发布会上介绍，为进一步做好对核酸检测阳性人员开展流行病学调查工作，加强区域协同，分享工作经验，根据国家卫生健康委统一安排，中国疾病预防控制中心和江苏省、浙江省、山东省、河南省疾病预防控制中心各派10名流调人员，已抵达北京，协助开展流调和分析工作。
地坛医院床位扩充至1070张
北京市委宣传部副部长、市政府新闻办主任、市政府新闻发言人徐和建介绍，6月18日0时至24时，北京新增报告本地确诊病例25例，疑似病例2例，无症状感染者2例。自6月11日新发地批发市场发生聚集性疫情以来，累计本地报告新增确诊新冠肺炎病例183例。
据悉，目前这183例患者均在北京地坛医院接受诊疗。北京地坛医院副院长吴国安介绍，为集中力量救治新冠肺炎患者，地坛医院本部已扩充救治床位和能力，医疗床位达到1070张。同时，从18家市属医院抽调了102名医务人员。目前，重型、危重型患者的各项筛查指标基本平稳。
徐和建表示，早发现核酸检测是精准防控的有效手段，要加强统筹调度，迅速提升检测能力，扩大检测范围，切实做到应检尽检、愿检尽检，努力跑在疫情前头。核酸检测采样点要落实好测温、佩戴口罩、一米线等措施，维护好现场秩序，防止扎堆聚集，避免交叉感染。
食品包装有被污染风险
北京市疾控中心副主任庞星火通报了18日新增报告的确诊病例相关情况。6月18日，北京新增确诊病例25例，其中，男性17例，女性8例，年龄平均45岁，最小25岁，最大69岁，丰台区18例，大兴区5例，西城区1例，海淀区1例。已完成调查的21例确诊病例均与新发地市场有关联，4例正在流调中。
在新发地市场环境采样中，综合交易大厅特别水产、豆制品局部售卖区域阳性样本较多，环境污染较重。建议市民妥善处理赴新发地市场所购的冰冻海鲜、豆制品等食物，不建议食用。
国家食品安全风险评估微生物实验部主任李凤琴表示，食品和食品包装材料有可能被新冠病毒污染，现在在环境当中也检出了病毒，是有可能被污染。
编辑：宝厷
庞星火徐和建北京地坛医院新发地病例
地坛医院核酸检测 - 核酸紫码
记者10月4日获悉，根据《海南省新型冠状病毒肺炎疫情防控工作指挥部关于进一步做好国庆节前后核酸检测的通知》要求，为落实“三天一检”工作的开展，海南健康码进行功能优化。
一是针对最新一条核酸检测结果在48-72小时之间的群众健康码新增弹窗提醒，督促其尽快完成核酸检测；
二是对于核酸检测超过72小时的群众，在健康码首页及扫描地点码结果页新增“三天未检”的显著提示。
海南省新型冠状病毒肺炎疫情防控工作指挥部请各市县指挥部指导公共场所、公共交通工具查验人员根据界面提示，严格落实《海南省新型冠状病毒肺炎疫情防控工作指挥部关于进一步做好国庆节前后核酸检测的通知》内容，做好健康码查验工作。
地坛医院核酸检测 - 核酸的紫外吸收
—昆明友宁团队伴您科研路
在影响实时定量反应检测灵敏度、准确性和可靠性的众多因素中，核酸模板品质与含量无疑具有决定性作用。核酸品质（quality）是指核酸的纯度（DNA/RNA、蛋白质、酚等PCR抑制剂的残留）和完整性（Integrity）符合要求并保持稳定。核酸的量是指用于反应的ng或ug核酸质量或考贝数，基因表达定量分析中，加入相同质量的总RNA、确保每个qPCR反应孔的cDNA模板含量均一，以确保测试值真实反映mRNA实际水平差异、排除cDNA用量不同所致误差。SNP基因分型检测中模板数量过少将影响等位基因数据有效性。而NGS测序前对测序文库模板数量均—化是保证数据质量不可或缺的质控手段。
2009年发布的定量PCR实验数据发表所必需实验信息最低限度标准（MinimumInformationforPublicationofQuantitativeReal-TimePCRExperiments），即MIQE指南，明确了qPCR实验发表时作者所需提供的最低信息标准，以保证实验数据的正确性、准确性和实验结果的可重复性。指南从qPCR样本的采集、处理和制备，核酸质量控制，反转录、qPCR体系设定及数据分析的各环节具体要求都有详尽阐述，为全球生命科学与生物医学的国际化标准《生物和生物医学调查的最小信息》的重要组件。
本文围绕MIQE指南的核酸质量控制环节中与微量紫外可见光度计应用有关的论述内容，结合目前学术期刊APCR实验文章所披露的实际操作办法，探讨怎样在qPCR实验流程核酸质控中充分发挥微量紫外可见分光光度计测定功能的问题。
一、核酸品质对实时荧光定量PCR测试性能的影响
MIQE指南中的核酸质量控制(QCofNucleicAcids）首先是指核酸膜板的完整性（integrity，是指核酸特别是RNA的降解程度）、纯净度（核酸样品中其他核酸模板可能干扰测定结果、抑制逆转录活性或PCR反应的污染物的残留情况）的评估。其次，是qPCR反应过程核酸数量的测定和控制。
1.1完整无降解的RNA模版是qRT-PCR结果可靠性的关键
mRNA与机体所受内外环境条件刺激和生理状态息息相关，其含量具高度动态性。组织器官生理结构、取样的时间和材料的管理环节的差异同样影响RNA的降解。降解引起的基因转录水平相对差异可能会对实验结果的评价产生误导。
在RNA完整性对RT-qPCR检测性能影响的评价实验中，用酶消化或紫外线处理的方法降解从牛组织中提取的完整RNA后，对18SrRNA、28SrRNA、β-Actin、IL-1b基因表达mRNA的测定结果显示，来自同一组织的完整RNA和降解RNA样本之间，测试值的稳定性存在显著差异。从高丰度18S和28STRNA，中等丰度的β-Actin，到极低丰度的IL-1b，出现随着RNA品质提升而mRNA样本定量结果变异性（intraaassayvariation）降低的现象.
RNA完整性具有组织细胞依赖性、时间特异性和基因特异性，一般认为，结缔组织含量高的组织（如胃肠道）、富含RNase的器官（如胰脏），在取样、存储过程中RNA降解较高；细胞来源RNA样品完整性要好于从实体组织提取的RNA。
研究显示，降解RNA样本测试数据变异存在高度的组织、基因特异性。某些组织中mRNA定量似乎不受RNA降解的影响，从部分降解的RNA样本获得的基因表达谱与完整RNA样本相比，具有高度相似性。但有些组织mRNA数量与RNA质量评分指数RIN存在线性关系或存在RIN指数阈值响应关系（即部分样品无法给出准确的测定结果）。
MIQE指南总结为∶扩增片段长达400hp时，扩增效果强烈依赖于优质RNA。而多数情况下，即便对70-250bp短扩增子qPCR测定，耐受RNA降解程度的能力也不尽相同（即RNA完整性受损不是啥好事）。定量RT-PCR分析，高品质RNA可纵横捭阖、畅行无阻，而部分降解的RNA适合于短扩增子反应。因此，想要准确地量化组间微小表达差异，在定量分析前验证和审视RNA质量是有益的且极其重要。
1.2RNA品质对qRT-PCR扩增效率的影响
即使是完整RNA、优化的引物及反应体系，若RNA样品中PCR抑制物浓度过高，同样会降低qPCR检测灵敏度和扩增效率，通常，人们用靶基因与内参基因平行扩增和用内参对靶基因测试值归一化的处理方法来解释样本间定量差异。无论相对定量还是绝对定量分析，其前体都是假设这靶、参的扩增受到相同的抑制程度。但实际情况是，部分生物样本可能含有的PCR抑制剂，在内参样本中不存在，而据此构建的标准曲线作为定量基准，导致测试样本中mRNA水平低估，从而扭曲归一化和定量分析结果。
对16SqPCR绝对定量法检测细菌拷贝数的实验结果显示，无论是来自标准菌株或是土壤中细菌的DNA样本，当反应体系中腐殖酸终浓度达到50ng/ul，与不加腐殖酸的对照组相比，得出的细菌拷贝数具有显著差异，证实腐殖酸对qPCR反应确有明显抑制作用。原因在于构建qPCR标准曲线用标准品不含腐殖酸而测试样本含腐殖酸，二者被分别安排在两个独立样本孔中进行常规单重定量PCR反应。因PCR反应效率不同造成定量结果偏差。相反，若采用双重实时荧光定量PCR（即多重实时荧光定量PCR，duplexqPCR）设计反应体系，标准品和样本DNA是在同一个样本孔中进行PCR反应，使得PCR抑制物对样品两种模板PCR反应效率抑制效应相同，从而有效规避了腐殖酸对细菌16S拷贝数定量的巨大干扰效应。
包括生物样品自身的天然组分、核酸提取纯化操作用的试剂和实验器具携带的各种化合物，凡是影响DNA聚合酶的活性，干扰模板与DNA聚合酶及引物的结合，抑制PCR扩增的化合物、盐分，均视为为PCR抑制剂。
二、MIQE指南对qPCR实验中微量紫外可见光度计核酸测定的要求
MIQE指南的MIQEchecklist列表中，涉及到紫外可见光度计应用的是核酸提取和反转录两个操作步骤。
虽然列举的是mRNA，但其指则适用的样品，应理解为包括全部DNA（包括基因组DNA、质粒、mtDNA、STR等）和RNA（涵盖组织mRNA，miRNA、InRNA、shRNA及病毒RNA等）类型样品，应用范围既包括核酸定量，也包揽SNP检测应用。
表中E（essentialinformation）标记项属须与发表文稿一起提交的基本信息（可理解为强制要求）；而D（Desirableinformation）标记项为根据实验条件尽可能提交的资料。
综合表2内容和QCofNucleicAcids—节的论述，MIQE指南对qPCR实验中用微量紫外可见光度计进行核酸测定的目的、要素和要求，大致可归纳为以下几点：
2.1核酸样品污染情况评估
MIQE指南规定，qPCR实验须报告所用核酸样品中的基因组DNA/RNA、苯酚及其他PCR反应抑制剂残留的评估情况。而紫外可见光度计的A260/A280比值测定是一简便而重要的评估方法。其理论依据是∶在中性pH溶液中测量核酸样品，高纯度的RNA溶液的A260/A280比值为2.0，而DNA这一比值为1.8，苯酚的紫外吸收峰为270mm。如RNA样品中存在基因组DNA的混入（降低A260读数）或苯酚残留，抬升A280测试值，导致RNA的A260/A280比值降低。
2.2核酸的含量测定
在qPCR实验要比较不同靶标定量的结果，首先要确保qPCR实验流程几个关键环节核酸样品中的总RNA、cDNA、DNA模板用量大致相同。因此，紫外可见分光光度计A260测定核酸浓度为必选。
MIQE指南的有关内容有∶
1）核酸（DNA/RNA）提取产量（注∶测定所获的高品质核酸QD值，根据dsDNA、RNA的μg/μL浓度及提取物总体积计算核酸提取总产量，便于分配后续各项应用中核酸用量）；
2）反转录时总RNA用量（注∶市面反转录试剂盒常建议按RT反应体系20μL∶2μg总RNA的投料比例配置RT反应体系）；
3）qPCR反应核酸膜板定量（DNA/cDNA）定量（注∶不同基因的cDNA合成效率不一，通常RT试剂盒无法给出cDNA产量值。A260测定获得高品质cDNA产物浓度和总产量，便于规划qPCR反应的cDNA用量）；
4）qPCR反应寡核苷酸引物/探针浓度测定（根据引物合成厂家配套说明和实际A260测定结果，基于cDNA投料量来优化反应体系中引物体积用量，确保扩增效率和扩增特异性）；（待续）
